崇左市具有丰富而独特的亚热带动植物资源和农业资源，是名符其实的“绿色宝库”。

主要经济作物有甘蔗、水稻、玉米、蔬菜、木薯、剑麻、油料、豆类等；农林特产主要有优质大米、茶叶、八角、茴油、桂皮、松脂等；荔枝、龙眼、香蕉、菠萝、柑橙等名优水果和指天椒、桑蚕、苦丁茶等富有南国特色的农作物遍布全市各县(市)。

崇左是全国、全区重要的蔗糖、剑麻、速丰林、松香、亚热带水果、八角、苦丁茶生产基地。全市年均甘蔗种植面积340万亩左右，是全国产蔗第一大市；剑麻种植总面积16.1万亩，是广西最大的剑麻生产原料基地；种植苦丁茶6万多亩，在全国占第一位；种植龙眼80万亩，是全国重要的龙眼生产基地。全市占有一定优势并形成规模的农产品还有：40万亩的木薯基地；63万亩八角林；100万亩桐棉松；35万亩速生桉商品林；5万亩竹林基地；3万亩的剑麻基地；7万亩黑皮冬瓜；30万亩蔬菜基地等。大新是全国六大龙眼生产基地县和“苦丁茶之乡”，天等县是全国指天椒生产基地，远销港澳东南亚。

全市动植物资源十分丰富，有植物种类4507种，陆生动物473种。其中属国家重点保护的世界珍稀野生动物白头叶猴、黑叶猴、云豹、梅花鹿、穿山甲、冠斑犀鸟等30多种。野生植物种类占全国1/4，其中有国家一二类植物望天树、叉叶苏铁、云南苏铁、桫椤等。