崇左市地处祖国南疆，位于广西西南部，北回归线以南，在北纬21°36′至23°22′、东经106°33′至108°6′之间(地理坐标北纬22°23′东经107°24′)。北部与百色市相连，东及东北部与南宁市毗邻，东南部与防城港市交接，西部和南部与越南社会主义共和国接壤。

　　地形地貌：崇左市大致地势为南北部较高，中东部较低，由西北向东部倾斜。地质构造古老，多以泥盆纪，二叠纪和三叠纪为地质基层，以石灰岩占优势，页岩、砂岩次之。地形特点是山地多，平地少，石灰岩地层分布广。市内有山地、丘陵、谷地，也有河谷冲积成的平原。江州区、扶绥县、龙州县的地势为南北高、中东部较低，南北部为高山土岭、峰丛谷地，中东部为低丘台地、平原。宁明县为东南部高，北部和西部较低，南部为土山区，形成无数山间带状谷地和峰丛坡地，中部为土丘陵，北部靠中为明江河谷平原。天等县西南部高，东北部低，绝大部分为低山、丘陵地形，大部分是岩溶地貌。大新县地形北高，南略低，地貌以岩溶石山为主，山岭连绵，石山耸立。凭祥市东、西、北部均为山脉，南部为峰丛盆谷地带，地势由西向东倾斜。

　　山脉：崇左市内山脉主要为大明山和十万大山余脉，绵延江州、扶绥、宁明和大新等县（区）。江州区北部为西大明山、小明山所盘踞，群山起伏，两大明山主峰位于区境东北部，海拔约为1071米，为江州区境内最高峰；南部为十万大山余脉，横亘江州镇、罗白乡一带。扶绥县南部是十万大山余脉四方岭，呈东西向伸展；北部是西大明山支系凤凰山和三哈秀山，其他山多属孤峰屹立，不成脉系。宁明县境内主要是十万大山余脉，由东南走向西部，横亘南部全境，绵延50余公里，峰峦重叠，宛如屏障，境内海拔50米以上的大山共201座。大新县主要山脉有西大明山古雾岭、四城岭等，海拔500—1073米，为全县最高峰，海拔400米以下的石山遍布全境。龙州境内主要是大青山余脉，主峰海拔1045米。凭祥市境内主要是龙州大青山余脉，由西向东分为西部山脉、中部山脉、东北部山脉等，除大青山山顶较浑圆，且有较多的小盆地、谷地外，其他山脉都是山峰尖锐，岩石裸露，悬崖绝壁，谷峡且深。

　　河流：崇左市内河流较多，主要有左江河、黑水河、明江河、水口河、公安河、平而河等，均属于珠江流域西江水系。河流流向与地形构造一致，水量丰沛，季节性变化大；熔岩地区底下伏流发育，地下水资源丰富，地表河流与地下河流相互转化。其中左江、黑水河流经境内的江州区、大新县、龙州县、扶绥县等。左江干流全长539公里，发源于宁明县与越南交界的枯隆山,上源称奇穷河，流入国内称平而河，在龙州县城与水口河汇合称丽江，与最大支流明江汇合后称左江。左江年平均径流量209亿立方米(扶绥新宁站)，流域落差大，流域面积31595平方公里。
境内各县（市、区）均有河流分布。江州区境内有大小河流14条，河流总长约475.8公里，河网密度约0.16公里/平方公里，流域面积约4028平方公里；最大河流是左江，流经和平、太平、濑湍、驮卢、雷州等5个乡（镇），年均流量约544立方米；其次是黑水河，境内流长约31公里，年平均流量约135立方米。大新县有黑水河、下雷河、桃城河等较大河流11条，属左江水系，黑水河为大新境内最长河流。龙州县主要河流有水口河、平而河、左江、明江、黑水河等，县内总流长约178.5公里。宁明县主要有明江河、公安河、派连河、浦下河等9条大河及其支流。凭祥市主要有平而河。扶绥县主要河流有汪庄河、客兰河、笃邦河等24条。

　　土壤：市内土壤主要有水稻土、红壤土、赤红壤土、紫色土、石灰岩土、冲积土、黄壤、赤沙土等土类。江州区大部分是赤红壤土，占73%。土壤水、热条件好，但土壤严重缺磷、缺钾，保肥性能差；质地和耕作性较好，大部分沙泥比例适中，耕层浅薄，且面积大。